Rząd zaproponował likwidację Funduszu Kościelnego przy następujących założeniach: kościoły i związki wyznaniowe mają samodzielnie płacić składki na ubezpieczenie społeczne i zdrowotne duchownych. Obywatele będą mogli przeznaczać 0,3 proc. należnego podatku rocznego na ich działalność.
Zgodnie z propozycjami rządu prawo przekazywania części podatku na cele związane z misją publiczną Kościołów i związków wyznaniowych obowiązywałoby od 1 stycznia 2013 roku, natomiast usamodzielnienie płacenia składek miałoby nastąpić od 1 stycznia 2014 roku.
Według szacunków Ministerstwa Administracji i Cyfryzacji suma przekazywanego przez obywateli podatku na Kościoły i związki wyznaniowe osiągnęłaby kwotę ok. 100 mln zł rocznie, co odpowiadałoby dotychczasowym wydatkom państwa na te cele.