Od lat generuje straty i nie widać szans na polepszenie wyniku finansowego spółki. Negocjacje z litewskim rządem również nie dają nadziei na poprawę finansowej sytuacji rafinerii. PKN Orlen podejmuje działania i analizy, wśród których znajduje się również scenariusz jej zlikwidowania.
Jak informuje członek zarządu PKN Orlen, od momentu nabycia tylko raz była ona rentowna - w 2012 roku, kiedy spółka zarobiła 80 milionów dolarów.
PKN Orlen nabył Możejki osiem lat temu płacąc 2 mld  340 milionów dolarów. W tamtym czasie była to  największa polska inwestycja zagraniczna.