Planowanemu zastąpieniu Funduszu Kościelnego odpisem podatkowym na rzecz Kościołów powinno towarzyszyć wprowadzenie, na mocy tej samej ustawy, mechanizmów wyrównujących straty dla samorządów w Polsce. W ostatnich latach udział gmin w dochodach z tytułu podatku PIT zmniejszył się na skutek wprowadzenia dwóch progów podatkowych i ulgi prorodzinnej.

Zasady zastąpienia Funduszu Kościelnego odpisem podatkowym zostaną określone w ustawie. Zgodnie z projektem założeń do tej ustawy, Kościoły i związki wyznaniowe samodzielnie będą płaciły składki na ubezpieczenie społeczne i zdrowotne duchownych. Płacenie składek ubezpieczeniowych przez wszystkie osoby zatrudnione w formie stosunku pracy (np. przez księży katechetów) będzie się odbywało w taki sam sposób jak obecnie.